Jacob Thuesen (født 25. maj 1962) er en dansk filminstruktør, der debuterede som i 2005 med den danske prisbelønnede spillefilm Anklaget. Jacob Thuesen blev uddannet som filmklipper i 1991 fra Den Danske Filmskole
Jacob Thuesen, filminstruktør og filmklipper, der er søn af Bente Thuesen, blev uddannet som klipper på Den Danske Filmskole i årene 1987 til 1991. Han begyndte som klipper hos Lars von Trier, Jørgen Leth og Tómas Gislason. Han har instrueret dokumentarfilmen "Under New York" og novellefilmen "Livsforsikringen" samt spillefilmene "Anklaget" og "De unge år" og tv-serien "Blekingegade". I 13 år dannede han par med skuespillerinden Sofie Gråbøl, men er siden blevet skilt.