En las sombras de Japón se libra una batalla encubierta. Todavía existen unos 200 000 ninjas que llevan a cabo misiones mortales como organización secreta, la Inteligencia Nacional de NINJA, o NIN por sus siglas, hasta que surge un contrincante: UNDER NINJA. Conocidos bajo las siglas UN, estos ninjas se oponen a NIN a cada paso que dan. Uno de los integrantes de UN es Kuro, un adolescente solitario enviado al frente. ¿Cuál será su destino y qué facción prevalecerá?