Quand des tremblements de terre bouleversent le Japon, le Professeur Saotome est certain que c'est le travail de l'Empire de Dinosaure. Michiru part examiner le Module de Commande, mais est rapidement abattu et blessé; le coupable n'est aucun d'autre que Megazaus! Le propriétaire de l'Équipe Robo désire obtenir la vengeance de Michiru, mais d'abord ils doivent trouver un médecin pour elle. Une fois que l'équipe Robo est formée, ils doivent suivre à la trace Megazaus et le battre avant qu'il ne détruise les villes du Japon.