À l'extérieur d'une prison confédérée de Virginie, la nuit tombe, une tempête se prépare et cinq individus qui n'ont rien en commun - outre le désir de s'échapper - préparent leur évasion. Le groupe est hétéroclite. Il comprend le capitaine unioniste Cyrus Smith ; Neb, un esclave afro-américain; Jane Spillet, une infirmière qui a perdu son mari; sa fille adolescente Helen ainsi que Pencroff et LeMay, deux soldats confédérés prêts à tout pour fuir le camp. Emportés au loin dans une montgolfière portée par les vents violents d'un orage, ils échouent sur une île du Pacifique qui à première vue, semble tout ce qu'il y a de plus paisible. Au cœur de cette jungle étrange, ils se retrouvent bientôt faibles, affamés et craignant pour leur survie. C'est alors qu'un étrange individu leur porte secours, le capitaine Nemo qui habite cette île afin de se livrer à d'étranges expériences...