구름 아래 땅에는 닌자 사부와 히로, 스즈메, 푸도, 슌, 도라, 구노치라는 미니 닌자들이 살고 있다. 히로는 동물과 합체하는 능력, 스즈메는 마법의 플루트, 구노치는 꿈을 통해 미래를 볼 수 있는 능력 등을 갖고 있다.
한편, 이들에게 맞서는 악당인 아시다의 요새엔 손녀, 쇼코와 하인인 키츠네가 함께 산다. 아시다와 쇼코는 동물을 사무라이로 변신시킨 후, 이들을 앞세워 나쁜 짓을 일삼고, 미니 닌자들은 사무라이들의 주술을 풀어주며 쇼코를 막아내려 끊임없이 노력한다.